Un consorcio de más de 300 investigadores de 160 instituciones científicas de todo el mundo (The Earth Microbiome Project Consortium), entre los que se encuentra un equipo de la Universidad de Granada, ha recogido más de 27500 muestras para estudiar la diversidad de microorganismos de todo el planeta. Un titánico proyecto en el que la UGR participa desde el año 2012.
Luke Thompson y colaboradores han mostrado sus primeros resultados en un artículo publicado el pasado 1 de noviembre en la prestigiosa revista Nature: A communal catalogue reveals Earth’s multiscale microbial diversity. Estos son los resultados preliminares del Earth Microbiome Project (Proyecto Microbioma Terrestre). Utilizando los más recientes métodos de secuenciación de ADN han obtenido más de 2.200 millones de secuencias, de las cuales 305.000 son completamente nuevas para la ciencia.
Para llevar a cabo esta tarea a escala planetaria es necesaria la colaboración de investigadores de alrededor del globo. Hasta ahora el proyecto se ha expandido por 7 continentes y 43 países, desde el Ártico a la Antártida. Pero el Earth Microbiome Project va todavía más allá. Esta enorme información forma parte de unos 100 estudios, la mitad de ellos ya publicados en revistas internacionales y la otra mitad en proceso de publicación.
El objetivo del Earth Microbiome Project es muestrear tantas comunidades bacterianas de la Tierra como sea posible, para poder avanzar en nuestro conocimiento científico de los microbios y sus relaciones con el ambiente, incluyendo plantas, animales y por supuesto humanos. Gracias al Earth Microbiome Project se ha conseguido analizar una colección amplia de microorganismos – el microbioma – que ha permitido generar la primera base de datos de referencia de las bacterias que colonizan el planeta.
Actualmente las técnicas de secuenciación masiva de ADN permiten analizar miles de muestras; pero además desde el Earth Microbiome Project se han desarrollado herramientas bioinformáticas que permiten relacionar esas comunidades bacterianas con las variables ambientales donde viven. Gracias a protocolos estandarizados, el uso de secuenciación masiva, métodos analíticos novedosos y a una filosofía de “acceso abierto”, el proyecto continúa creciendo y mejorando a medida que se van añadiendo nuevos datos.
Debido a la gran importancia de los microorganismos para el medio ambiente, la salud humana y la industria, son numerosos los estudios que se centran en analizar los microorganismos que intervienen en distintos procesos, pero siempre bajo un punto de vista muy local y ambientes muy específicos. En este artículo se aborda la diversidad microbiana a escala mundial y pretende promover el estudio de patrones generales de la diversidad y ecología de la comunidad bacteriana de la Tierra. En general, los microbiomas asociados a un organismo vivo son muy diferentes y menos diversos que aquellos que viven de forma libre, como los que se encuentran en el suelo o el agua. Pero además la diversidad de ambientes muestreados por el Earth Microbiome Project ayuda a demostrar la influencia del ambiente local en el microbioma. Por ejemplo, las comunidades de ambientes salinos se parecen más entre ellas que a las de ambientes de agua dulce y a su vez son más parecidas entre ellas que a las comunidades de la piel de cetáceos y peces que viven en esas aguas.
Los investigadores de la UGR aportan 2 de estos estudios al proyecto: el microbioma de la cáscara de los huevos de una comunidad de aves del sureste peninsular; y el papel de la temperatura y la humedad en la microbiología de los huevos del estornino negro. Ambos estudios son liderados por Juan Manuel Peralta Sánchez, que actualmente disfruta de un contrato postdoctoral en la Estación Biológica de Doñana, CSIC.
Gracias a un contrato postdoctoral del Campus de Excelencia Internacional 2011 promovido por la UGR con fondos FEDER, Juan Manuel pudo analizar las muestras de ambos estudios en el laboratorio de Rob Knight, colíder del Earth Microbiome Project. Además participan en dichos estudios Manuel Martínez Bueno y Antonio Manuel Martín Platero (Departamento de Microbiología, UGR), Manuel Martín-Vivaldi Martínez (Departamento de Zoología, UGR) así como Juan J. Soler (Estación Experimental de Zonas Áridas de Almería – CSIC) y Juan Diego Ibáñez Álamo, otro antiguo postdoctoral de la UGR que se encuentra trabajando actualmente en la Universidad de Groningen, Holanda.
Este artículo sienta las bases para el estudio de patrones ecológicos globales y ofrece un ejemplo de trabajo internacional, multidisciplinar y coordinado. El Earth Microbiome Project es y será una fuente de recursos para la exploración de cientos de preguntas ecológicas que están pendientes de resolver.
Para saber más sobre el Earth Microbiome Project, se puede visitar su web: earthmicrobiome.org.
